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它们都是病原真菌的线粒体呼吸抑制剂，即通过在细胞色素b和c。间电子转移抑制线粒体的呼吸，干扰细胞能量供给，使细胞死亡，从而发挥杀菌作用。
所以说功能一样，不能说哪个好，选择的时候可以根据品牌来选择
醚菌酯和嘧菌酯有什么区别
吡唑醚菌酯、嘧菌酯、醚菌酯，都是甲氧基丙烯酸酯类物质，甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂是以天然甲氧基丙烯酸酯类抗生素为先导化合物开发的一类新型杀菌剂，到目前为止已有6个品种商品化，还有至少7个化合物正在开发中。它们的化学结构上都含有甲氧基丙烯酸酯基团或是由甲氧基丙烯酸酯衍变而得。在农业应用上表现有许多共同特点。
(1)独特的作用机理。它们都是病原真菌的线粒体呼吸抑制剂，即通过在细胞色素b和c。间电子转移抑制线粒体的呼吸，干扰细胞能量供给，使细胞死亡，从而发挥杀菌作用。作用于线粒体呼吸的杀菌剂较多，但苯氧基丙烯酸酯类杀菌剂作用的部位(细胞色素b)与以往所有杀菌剂均不同，因而对于已对甾醇抑制剂(如三唑类)、苯基酰胺类、二羧酰胺类、苯并咪唑类产生抗性的菌株有效。
(2)杀菌广谱。对几乎所有真菌类(子囊菌纲、担子菌纲、卵菌纲和半知菌类)病害都显示出很好的活性，如麦类的白粉病、叶枯病、赤斑病、网斑病、黑腥病，水稻的稻瘟病、纹枯病，以及霜霉病、疫病等具有很好的活性，对疫病的防治更显重要。
(3)具有保护和治疗作用，并有良好的渗透和内吸作用，可以茎叶喷雾、水面施药、处理种子等方式使用。
(4)具有高度选择性，对作物、人、畜及有益生物安全，对环境基本无污染。
(5)本类化合物除对病原菌有抑制作用，对某些昆虫和植物也具有电子传递抑制作用，因此有可能从苯氧基丙烯酸酯类中开发出杀虫剂和除草剂，并已有这方面的专利了。
目前市场上常见的有：
吡唑醚菌酯商品名称叫做凯润，醚菌酯商品名称叫做翠贝，都是德国巴斯夫的。
嘧菌酯商品名称叫做啊米西达，还有一个是嘧菌酯+苯醚甲环唑，商品叫做啊米妙收，都是先正达的。
烯肟菌酯商品名称佳斯奇，烯肟菌胺·戊唑醇商品叫做可爱，是中国沈阳化工研究院的
经过几年在全世界范围内的大量使用实践表明，这类杀菌剂不仅是一个优秀的病害防治产品，同时它还能够显著地改善果实品质，提高产量。
苯甲吡唑酯和苯甲嘧菌酯区别
一、化学构成不同
1、醚菌酯：(E)-2-甲氧亚氨基-[2-(邻甲基苯氧基甲基)苯基]乙酸甲酯，是一种高效、广谱、新型杀菌剂。
2、嘧菌酯：(E)-[2-[6-(2-氰基苯氧基)嘧啶-4-基氧]苯基]-3-甲氧基丙烯酸甲酯；阿米西达；(E)-2-{2-[6(2-氰基苯氧基)嘧啶-4-基氧]苯基}-3-甲氧基丙烯酸甲酯。
二、特点不同
1、醚菌酯：能控制治疗子囊菌纲等大多数病害，对孢子萌发及叶内菌丝体的生长有很强的抑制作用，具有保护，治疗和铲除活性，另外有很好的渗透及局部内吸活性，持效期长。
2、嘧菌酯：嘧菌酯不能与杀虫剂乳油，尤其是有机磷类乳油混用，也不能与有机硅类增效剂混用，会由于渗透性和展着性过强引起药害。
三、用途不同
1、醚菌酯：具有广谱的杀菌活性，同时兼具有良好的保护和治疗作用。与其它常用的杀菌剂无交互抗性，且比常规杀菌剂持效期长。具有高度的选择性，对作物、人畜及有益生物安全，对环境基本无污染。
2、嘧菌酯：是甲氧基丙烯酸酯(Strobilurin)类杀菌农药，高效、广谱，对几乎所有的真菌界（子囊菌亚门、担子菌亚门、鞭毛菌亚门和半知菌亚门）病害如白粉病、锈病、颖枯病、网斑病、霜霉病、稻瘟病等均有良好的活性。
百度百科-醚菌酯
百度百科-嘧菌酯
成分与结构、作用机制与用途。
1、成分与结构：苯甲吡唑酯是由吡唑醚菌酯和苯醚甲环唑复配而成，是一种具有广谱杀菌活性、兼具保护和治疗作用的杀菌剂。而苯甲嘧菌酯则是由嘧菌酯和苯醚甲环唑复配而成，同样具有广谱杀菌活性。
2、作用机制与用途：苯甲吡唑酯主要通过抑制病原菌呼吸过程中能量转化所需的一些酶的活性，从而达到杀菌目的。而苯甲嘧菌酯则主要通过抑制病原菌细胞壁的生物合成，从而达到杀菌目的。
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